Vista以降のWindowsではProgram Files等システムのフォルダは保護されていて普通のプログラムから読み書きすることができません。このようなフォルダの下にニメラのフォルダを置くと正常に動作しません。
現在Vista/7をお使いで、上のようなフォルダでニメラが正常に使えている場合は、OS側が細工して別のフォルダに書き込んだのをあたかもProgram Filesフォルダに書き込んだように見せかけているものと思われます。この場合ニメラは一見普通に動作しますがデータが別のフォルダに散らばってしまう状態になり好ましくありません。
もしProgram Files等の下のフォルダにニメラをいれている場合は他のフォルダに引越しをしてください（ニメラのフォルダを丸ごとコピーしてください。起動用ショートカットを作っている場合はショートカットのリンク先だけでなく作業フォルダを直すのも忘れないようご注意ください）。
引っ越したあと、引越し先のニメラを起動したら古いメールはあるが最近送受信したメールがない、という状態になった場合は、新しいメールだけが別フォルダに散逸している状態になっているものと思われます。この場合は下の「仮想化が起きてしまった場合の対処方法」の手順で引越し先のフォルダにまとめてください。
現在XPまでのWindowsをお使いの場合は、とりあえずは問題はありませんが、うっかりそのままVista以降のWindowsにバージョンアップしてしまうと問題が起きます。今のうちに引越しをすることをおすすめします。
※「Program Files」以外の保護されたフォルダに入れていた場合は以下の説明中の「Program Files」の部分を実際のフォルダ名を読み替えてください。
Vista/7で一般のプログラムからProgram Files以下にデータを書き込んだ場合、条件によっては、書き込まれたデータをOSが他のフォルダに避難させて、見かけ上は一見問題なく動作しているようにみえることがあります。この場合、書き込んだファイルはProgram Files以下のフォルダには入らず、OSが避難用として使うフォルダのほうに入ります。これを「仮想化」と言います。
この場合、Program Filesの下のフォルダのデータだけを移しても、引っ越しができません。Program Filesの下のニメラのフォルダのファイルに加えて、避難用フォルダのファイルを吸い出す必要があります。
避難用フォルダは以下の場所です。隠しフォルダになっているので、隠しファイルも表示するように設定してから操作してください（設定方法は[スタート]-[ヘルプとサポート]で「隠しファイル」で検索してください。
C:\Users\ユーザ名\AppData\Local\VirtualStore\Program Files\ニメラのフォルダ
「ユーザ名」はWindowsにログオンするときのユーザ名です。
「ニメラのフォルダ」は、Program Filesの下にあなたが作ったニメラのフォルダ名です。
このフォルダの下に、元のニメラのフォルダと同じディレクトリ構成でニメラのデータファイル（更新されたものだけ）が入っています。
まず、通常の引っ越しと同様に、Program Filesの下のニメラのフォルダを丸ごとコピーしてから、そこに、避難用フォルダの下の全てのファイルとサブディレクトリを上書きコピー（同名ファイルがあるといってきたときに「コピーして置き換える」を選択）してください。
コピー後、コピー先のフォルダに入っているのが避難用フォルダにあったほうのファイルであることをファイルの日付などでご確認ください。