・メール送信先がニフティ会員で、相手がID宛のメールを着信拒否するように設定している場合、NifTerm（パソ通）ではIDを指定すればメールが送れますが、ニメラ（インターネットメール）ではニフティIDのアドレスに送っても着信拒否されてしまいます。重要な送り先については、あらかじめ、相手がID宛のメールの着信拒否をしていないか、している場合は受け取れるアドレスは何かを、相手の方に聞いて確認しておいてください。
・NifTermの設定・ログの取り込みができます。ニメラを新規インストール後、最初に起動したときに、設定やログの取り込みを行うか聞いてきます。
・取り込めるNifTermの設定は以下のものです。ニメラを最初に起動したときにしか取り込めませんので、必ず初回起動時に聞いてくるメッセージではいと答えて取り込みを行ってください。
アカウント（ニフティID）の設定、同報グループ、Who's Who、振り分け設定、キーカスタマイズ
・ログはあとからでも[ファイル]-[NifTermメールログ取り込み]で取り込めます。取り込めるのはメールのログだけです。パソ通固有のもの（バイナリメール、送信簿、不在通知）は取り込めません。
あとから取り込んだメールは、新しいメールボックスが作られてそこに格納されます。必要であれば[編集]-[アーティクル移動]でお好みのメールボックスに移動してください。
・未読管理方法の相違のため、NifTermですでに読んだメールであっても、ニメラで最初にアクセスしたときに、サーバー側にあるメールはすべて読み取りなおしになります。読み取り済みのメールはあらかじめNifTermでホストのメールボックスから削除しておくか、またはニメラでアクセス後、二重に取り込まれたメールをアーティクル削除してください。
・ニメラではNifTermになかった機能が追加されていますが、NifTermから取り込んだメールについてはNifTerm相当の機能しか使えません。ニメラで新しく追加された機能は、パソ通で送受信したメールには働きません。
・@niftyのパスワードにはログインパスワードとメールパスワードの二種類があります。NifTermで指定するのはログインパスワードですが、ニメラではメールパスワードを指定する必要があります。あらかじめ、ご自分のメールパスワードを確認しておいてください。詳しくはこちらをご覧ください。
・未読管理の方法が違います。NifTermでは、ホスト側で管理していましたが、ニメラではパソコン側で管理します。詳しくはこちらをご覧ください。
・パソ通とインターネットの相違により、メール送信時に指定できる項目や指定方法が異なります。
ニフティIDはメールアドレスではありません。メールアドレスにするには、うしろに必ず@nifty.comまたは@nifty.ne.jpを付けてください。
宛先には「名前 <アドレス>」形式が使えます。To:のほかにCc:とBcc:が使えます。
詳しくはこちらをご覧ください。
・NifTermと同様にまずタイトルのみを読み取って、タイトルを見てダウンロード予約して本文を読み取るという運用が可能です（ただし、内容を読み取らないようにしても、パソ通ほど速くありません）。[オプション]-[アカウント]の「基本設定」タブの下のほうに「内容も読み取る」の設定がありますのでそこで設定してください。
・本文がhtmlのメールのテキスト（文章）だけを抽出表示しますので、添付ファイルを開く操作をしなくても、安全に、おおざっぱな内容を見ることができます（[オプション]-[メールウィンドウ設定]-[表示]の[HTML本文パート]でソース表示、無表示の選択が可）。※NifTermから取り込んだメールには使えません。
・新機能として、[アクセス]-[タイマーアクセス]で一定間隔ごとにアクセスする機能があります。新着メールがあるときに音を鳴らす設定と組み合わせれば、ニメラに自動的に新着メールをチェックさせておいて、新着メールが来たときだけ見る、という運用が可能です。見た後は[アクセス]-[新規アーティクルマークをクリア]で（再度アクセスすることなく）新規アーティクルマークをクリアできます。
ご注意： ニメラ操作中（各種ダイアログボックスが開いた状態で）はタイマーアクセスができませんので、ダイアログボックスやメニューを開きっぱなしにしないようにご注意ください。
・NifTermと違い、ニメラはインターネット標準プロトコルを使用してメールを送受信するため、ウィルスチェックソフトの影響を大きく受けます。詳しくはこちらをご覧ください。
・FAQもご覧ください。